W stomatologii antybiotyki są nadużywane, a wciąż wzrasta oporność bakterii na nie. Należy więc uznać, że lekarze dentyści są współodpowiedzialni za ten jeden z największych problemów współczesnej medycyny. Tak twierdzą autorzy Rekomendacji Grupy Roboczej Polskiego Towarzystwa Stomatologicznego i Narodowego Programu Ochrony Antybiotyków w zakresie stosowania antybiotyków w stomatologii.
Szeroko więc rozpowszechnione są rekomendacje, by każdorazowo przed podjęciem decyzji o podaniu antybiotyku rozważyć bilans potencjalnych korzyści i ryzyka wynikających z jego zastosowania. Autorzy dokumentu uważają, że w stomatologii korzyść dla pacjenta z podania leku w profilaktyce lub leczeniu zakażenia w większości przypadków nie jest większa od potencjalnych strat związanych z ryzykiem selekcji szczepów opornych i tym samym utratą wartościowych leków przez całe społeczeństwo.
